La diagnosi viene solitamente prescritta per indagare le cause di alcuni disturbi come la presenza di sangue nelle urine, dolori cronici al pelvico, infezioni urinarie ricorrenti, minzione dolorosa, ritenzione o incontinenza urinaria, vescica iperattiva, segni di ingrossamento della prostata e nei casi in cui esami precedenti facciano sospettare l'esistenza di calcoli o lesioni tumorali.
Inoltre, la cistoscopia non ha solo un ruolo diagnostico, ma può essere eseguita anche a scopo terapeutico per intervenire all’asportazione di corpi esterni quali polipi, calcoli e piccoli tumori.